Princip siliranja, tj. kisanja krme, je pri siliranju v bale podoben kot pri siliranju v običajne silose. Dogajanja v silaži so shematsko prikazana na sliki 1. V silaži najdemo številne mikroorganizme, med njimi so najpomembnejše mlečnokislinske bakterije, enterobakterije, klostridiji in kvasovke. Nekateri od teh mikroorganizmov so zaželeni, saj omogočajo, da se krma skisa, drugi so nezaželeni, saj povzročajo kvarjenje. Pravzaprav so od mikroorganizmov v silaži zaželene le mlečnokislinske bakterije, ki fermentirajo sladkorje v mlečno kislino. Izgube so pri mlečnokislinskem vrenju majhne, zakisanje pa učinkovito, saj je mlečna kislina od kislin, ki nastajajo v silaži, najmočnejša. V travnih silažah so najbolj nezaželeni klostridiji. Sladkorje, pa tudi že nastalo mlečno kislino, z velikimi izgubami fermentirajo v masleno kislino. Zaradi maslene kisline ima silaža neprijeten vonj, živali pa jo nerade zauživajo. Klostridiji pridejo v silažo predvsem z zemljo. Na srečo se na začetku le počasi razvijajo in v kolikor uspemo zagotoviti ugodne razmere za rast mlečnokislinskih bakterij, uspejo slednje dovolj hitro zakisati krmo in rast klostridijev je s tem onemogočena. Tudi enterobakterije so v silaži nezaželene. Sladkorje pretvarjajo pretežno v ocetno kislino, ki je za zakisanje manj učinkovita od mlečne. Enterobakterije so zelo občutljive na nizko pH vrednost. V razmerah, ki so ugodne za razvoj mlečnokislinskih bakterij, se zaradi tega razvijejo le v manjši meri. Precej škode pri siliranju povzročijo kvasovke. Hitro se množijo predvsem med polnjenjem silosa, ko je krma še pomešana z zrakom. Pri tem z mlečnokislinskimi bakterijami tekmujejo za razpoložljive sladkorje, ki jih z velikimi izgubami pretvarjajo v ogljikov dioksid in vodo. Kvasovke pa se lahko množijo tudi v anaerobnih razmerah, vendar le, če je vsebnost sladkorjev v krmi dovolj velika (npr. koruzna silaža v pozni voščeni zrelosti). Pri tem spreminjajo sladkorje v etanol. Izgube energije so v tem primeru (brezzračne razmere) zanemarljive. Kvasovke torej porabljajo sladkorje, pri tem pa tvorijo snovi (ogljikov dioksid, voda, etanol), ki ne prispevajo k zakisanju silaž.