Barjanska območja so v svetu in pri nas izpostavljena naravnim in antropogenim vplivom. V Evropi segajo začetki negativnih posegov že v 16. stoletje. Prvotnih barij z nespremenjeno barjansko vegetacijo v Srednji in deloma Južni Evropi, skorajda ni več. Po nekaterih podatkih je bilo pred tridesetimi leti na našem ozemlju 100 barij s šotnimi mahovi. Barjanske površine so po Habitatni direktivi Evropske unije, štete za prioritetne habitate, ki jih je potrebno varovati in jim nakloniti vso varstveno pozornost. Visoka barja na Pohorju ogroža človek z nepremišljenimi dejanji: teptanje tal, odmetavanje odpadkov, trganje ogroženih rastlinskih vrst, vznemirjanje živalskega sveta, ribolov in neprimerno gospodarjenje z gozdovi (predvsem pri sečnji in transportu lesa). Pri tem moramo dodati, da so visoka barja najbolj občutljiva za vnos rudninske talne vode in dušikovih spojin iz ozračja kot posledica globalnega onesnaženja z različnimi polutanti. Naravni proces zaraščanja barij z lesnato vegetacijo je viden predvsem na nizkih barjih vzhodnega Pohorja, kot so Stegnetovo in Prednikovo močvirje. V pogledu ogroženosti barjanskih ekosistemov lahko ugotovimo: Lovrenško barje predstavlja največji strnjen kompleks šotnih barij na Pohorju in je uvrščeno med gozdne rezervate. Visoko barje prehaja v ruševje s smreko. V letu 1988 je bil narejen program ureditve "Šoštaričeve naravoslovne poti" brunčane poti z razglednim stolpom, ki je v tem času pripomogla k zmanjšanju ogrožanja območja. Barje vse bolj uničuje čezmerni naraščajoči stihijski turizem, odmetavanje odpadkov, teptanje tal okrog jezerc in ponovno koriščenje opuščenih poti preko barja. V zimskem času se na zasneženih površinah podijo s snežnimi sanmi, občutno se je povečal obisk smučarjev tekačev. V zgornja Lovrenška jezera naj bi se pristop povsem omejil, saj bi lahko to območje veljalo za mirno cono ogroženih koconogih kur (ruševec). Podobna situacija, vendar v manjšem obsegu se kaže na Ribniškem barju. Brunčana pot, ki vodi do jezera je primerno urejena, vendar se ob samem jezeru pojavlja enak problem kot na Lovrenških barjih (številni odpadki in poteptana tla). Črno jezero je razmeroma dobro ohranjen sekundarni biotop. Vodna akumulacija je obdana z visokim barjem, ki prehaja v rušje in smreko. Ogrožajo ga nenadzorovani pikniki, kurjenje, stihijska hoja okrog jezera, ribolov in odlaganje odpadkov. Barjanski kompleks Ostruščica leži v bližini turistične Rogle. V zimskem času se bližnji grebeni spremenijo v poligone za številne športne aktivnosti (tek na smučeh, motorne sani), snežno podlago v ta namen teptajo. K negativnim vplivom prispeva tudi paša živine v poletnih mesecih, ki lahko povzroči poškodbe šotnih površin in flore ter spremembo v kemični sestavi tal. V preteklosti so bili izvedeni številni poskušali za izsuševanje posameznih kompleksov barij (Lovrenško barje, Klopnovrška barja), tako da še danes opazimo posamezne izsuševalne jarke, ki so globoko zarezani v osrednje površine. Le aktivno naravovarstveno varstvo in ozavešenost javnosti o pomenu edinstvenih življenjskih okolij kot so barja, bo pripomoglo k temu, da jih bomo lahko našim zanamcem zapustili v vsej njihovi lepoti in mikavnosti.