Glavne razlike med možgani samcev in samic pri sesalcih so razlike v nekaterih jedrih, kakor imenujemo skupine živčnih celic v možganih. Nekatera od teh jeder se razlikujejo po številu živčnih celic, ki sestavljajo jedro, druga pa po prostornini, ki jo zavzema takšno jedro. Pri živalih dobro poznamo razlike v obnašanju med samci in samicami in do določene mere tudi že razumemo, kako pri živalih nastanejo nekatere razlike v možganih in katere razlike so povezane s katerim spolno značilnim obnašanjem. Pri tovrstnih raziskavah pri živalih lahko namreč natančno nadziramo okolje in različne dejavnike, ki vplivajo na razvoj možganov. Pri raziskavah možganov ljudi pa smo seveda omejeni. Čeprav so vedenjske raziskave pri ljudeh po eni strani lažje kot pri živalih, saj ljudje lahko povemo, kaj čutimo in mislimo, po drugi strani pri ljudeh ne moremo (ne smemo) vplivati na njihove hormone, ne moremo natančno poznati genetskih razlik med posamezniki in ne moremo za potrebe poskusa izenačiti različnih zunanjih dejavnikov, ki vplivajo na naš organizem kot so prehrana, vzgoja in drugi. To je posebej pomembno in problematično pri raziskavah spolno odvisnih razlik v možganih, kjer so razlike večinoma majhne in je že variabilnost znotraj enega spola običajno velika.