Marjan v politiko vstopi februarja 1988, ko na problemski konferenci ZSMS o kmetijstvu postane član iniciativnega odbora Zveze slovenske kmečke mladine. Je diplomirani inženir kmetijstva in tedaj že četrto leto kmetijski pospeševalec v Cerkljanskem hribovju. Naslednje leto prevzame vodenje ZSKM ter postane podpredsednik Slovenske kmečke zveze, ki jo vodi Ivan Oman. Na prvih demokratičnih volitvah ga izvolijo za poslanca republiškega in idrijskega družbenopolitičnega zbora, za krajši čas pa prevzame tudi vodenje idrijske kmetijske zadruge. Poroči se z Omanovo hčerko Tatjano in aprila 1991 postane kandidat SKZ za kmetijskega ministra. Ker do menjave ministra dr. Jožeta Osterca ne pride, Marjan še naprej ostane v parlamentu in vodi strankin poslanski klub. Februarja 1992 se SKZ preimenuje v Slovensko ljudsko stranko, Ivan Oman, ki se s tem ne strinja, prestopi h krščanskim demokratom, Marjan pa postane prvi mož SLS. Na decembrskih volitvah se SLS odreže nepričakovano dobro, a kljub temu pristane v opoziciji. Aprila Marjan obelodani zaupno gradivo o novogoriškem Hitu, zaradi česar mu grozijo, policija pa mu priskrbi varstvo. Nasprotniki mu ne ostanejo dolžni in javnost podrobno seznanijo z dolgovi stranke, izvirajočimi še iz volitev. Marjan opozicijske stranke in krščansko ter socialno demokracijo vedno znova poziva k oblikovanju »programske koalicije«, po razrešitvi Janeza Janše pa v imenu SLS podpiše predvolilni sporazum »strank slovenske pomladi«. Tik pred volitvami izbruhne škandal z glavnim tajnikom Francijem Feltrinom, ki ga Marjan obtoži povezovanja s srbskim lobijem, med prvim in drugim krogom pa ima SLS kongres, na katerem je Marjanov protikandidat za predsednika stranke Ivan Pučnik.