let, je Vatikan na veliko presenečenje mnogih v cerkveni hierarhiji, kajpak na priporočilo nadškofa Bauerja, imenoval za zagrebškega nadškofa - koadjutorja Alojzija Stepinca. Navkljub pomanjkanju delovnih izkušenj je bil Vatikan naklonjen imenovanju Stepinca zaradi njegovega študija na Gregorijanski univerzi, za kralja Aleksandra pa je bilo bržkone odločilno, da je bil Stepinac solunski prostovoljec. Čeprav se je Stepinac najprej otepal nove dolžnosti, je pristal nanjo in po posvetitvi odšel v Beograd priseč kralju. Takrat je v svojem dnevniku zabeležil nenavadne misli, ki so potem, po koncu 2. svetovne vojne, postale sestavni del obtožnice proti njemu: »Če bi bilo več svobode in dovolj verskih delavcev, bi Srbija čez dvajset let postala katoliška.« Njegovi nasprotniki so v tem zapisu videli njegovo tolerantno držo do prisilnega spreobračanja prebivalcev NDH iz pravoslavne v katoliško vero. Ko je Stepinac postal zagrebški nadškof, se je zavzeto lotil svojega poslanstva in zelo ostro napadal levičarsko, predvsem komunistično »nevarnost« v družbi. Nemir je vnesel tudi med duhovščino. Mnogim ni bilo pogodu »čiščenje« nadškofijskega dvora, zmanjšanje števila večerij, sprejemov in zahteva po skromnosti. Med duhovništvom si je pridobil vzdevek »boljševistični nadškof«, vendar se ni dosti oziral na nergače. Po smrti predhodnika Bauerja leta 1937 si je utrdil položaj in postal prvi med tedanjimi jugoslovanskimi katoliškimi škofi, za hrvaške katoličane pa največja avtoriteta.