Nastanek hepatične encefalopatije je zelo zapleten in večplasten proces. V možganih jetrnih bolnikov se kopičijo nekatere snovi, ki povzročajo spremembe v delovanju možganov. Nastajajo motnje v prevajanju številnih informacij v možganih, motena je tudi presnova v možganih. Med škodljivimi snovmi, ki se kopičijo v krvi in kvarijo možgane, je najbolj raziskan vpliv amoniaka. To je snov, ki jo v črevesu iz dušikovih spojin tvorijo bakterije. Zdrava jetra ga pretvorijo v sečnino, ki se nato izloči. Pri okvarjenih jetrih je sposobnost tvorbe sečnine zmanjšana. Amoniak se kopiči v krvi ter doseže možgane in druge organe. V možganih vpliva na več načinov, posledice so motnje v delovanju možganov.