V tretji obravnavi so pooblaščeni predlagatelji v skladu s poslovnikom DZ vložili še nekaj dopolnil. Večina tistih, ki so sedeli v dvorani, ni dala podpore predlogu NSi in SNS, po katerem naj bi med notranjimi morskimi vodami posebej navedli tudi Piranski zaliv. Predstavniki pozicije so namreč razložili, da pomorski zakonik predstavlja predpis, ki ga običajno ne sprejemajo za dve, tri leta, ampak gre za zakon, ki vključuje vrsto določb iz mednarodnih konvencij in običajno brez spreminjanja v praksi veljajo desetletja ali celo več, »zato je povsem korektno pa tudi strokovno utemeljeno, da se uporabi generični pojem 'zalivi'«. Zmago Jelinčič (SNS) tej strokovni razlagi uporabljenega pojma sicer ni nasprotoval, odločno pa je poudaril, da ima Piranski zaliv, zaradi vseh zgodovinskih, predvsem pa sedanjih političnih konotacij prav poseben pomen, zato bi ga morali izrecno omeniti v zakoniku, skupaj s še nekaterimi stvarmi, pri čemer je posebej izpostavil prost izhod Slovenije na odprto morje. Kljub tem argumentom predlog ni dobil zadostne podpre. DZ je nato le še glasoval o zakoniku v celoti in ga sprejel.