Zaradi vestnega dela so Barago leta 1853 najvišji dostojanstveniki Katoliške cerkve v Severni Ameriki v poslanici papežu predlagali za kandidata za apostolskega vikarja Gornjega Michigana s škofovskim dostojanstvom. Istega leta je papež ta predlog potrdil in Baraga je bil imenovan za škofa. Tega leta se je odpravil na zadnjo pot v Evropo. Obiskal je domače kraje in pritegnil še nekaj novih donatorjev, med drugim cesarja Franca Jožefa. Pobožni cesar, ki je iz svoje zasebne blagajne vedno podpiral dejavnost Cerkve in tudi misijonarstvo, mu je ob obisku podaril dragocen zlati križec z diamanti, a ga je Baraga prodal in denar porabil za nakup blaga, potrebnega za razširitev svoje dejavnosti. V Ljubljani so Barago pričakali z velikimi častmi. V stolnici je maševal ob peti uri zjutraj, tako kot pred tremi desetletji, ko je imel prvo mašo. Obiskal je tudi škofa Wolfa, ki mu je dovolil na pot misijonarstva, pa tudi starega mentorja dr. Dežmana. Obiskal je tudi sestro Amalijo, zdaj vdovo na družinskem gradu. Na poti nazaj se je ustavil še v Rimu, na avdienci pri papežu. Potem je obiskal še Anglijo in Irsko ter tamkajšnje škofe prosil, naj mu pošljejo več irskih duhovnikov, kajti Irci so se po obdobju velike lakote doma začeli v sto tisočih preseljevati v Severno Ameriko.