Politična zvezda Lojzeta Peterleta je najhujše čase doživljala na prehodu v novo tisočletje. Aprila 2000 sta se združili SLS in SKD, Peterle pa je bil v tej stranki kratkega diha eden izmed podpredsednikov. Ker Drnovškova vlada ni preživela glasovanja o zaupnici v parlamentu, je novi premier postal dr. Andrej Bajuk, sicer eden izmed podpredsednikov SLS+SKD, Peterle pa ponovno zunanji minister. Stranka SLS+SKD je po nekaj tednih razpadla, Peterle in Bajuk pa sta ustanovila Novo Slovenijo. Tudi v tej stranki je bil Peterle le podpredsednik. Na oktobrskih volitvah je NSi dobila osem odstotkov glasov, Peterle pa je postal poslanec in od leta 2001 vodil komisijo za evropske zadeve. To vodenje je po svoje že napovedalo tudi njegovo evropsko politično kariero, ki jo je začel aprila 2002 z izvolitvijo v predsedstvo konvencije za prihodnost Evrope. Leta 2004 je zmagal na volitvah za evropski parlament in postal evropski poslanec.