Evropska komisija je v poročilu zapisala, da je ugotovila pomanjkljivosti pri delovanju veterinarske inšpekcije. Kot resno odstopanje od urejenosti po pravnem redu EU je navedla dvotirnost pristojnosti na področju veterine, ki je razdeljena med VURS in VZS. Prva je sestavni del kmetijskega ministrstva, druga pa samostojni zavod, ki ga je ustanovila vlada. Čeprav je VZS zakonsko podrejen VURS-u, v praksi te hierarhije ni. Komisija je ugotovila, da je slovenski veterinarsko-sanitarni nadzor neustrezen glede notranjega nadzora obratov, ki ga izvajajo delavci VZS, pa tudi glede inšpekcijskega delovanja lokalnih veterinarskih služb in delovanja Veterinarske uprave Republike Slovenije. Ta ne izvaja ustreznega nadzora nad delovanjem lokalnih veterinarskih inšpekcijskih služb, kar zaenkrat opravlja Veterinarski zavod Slovenije, to pa je v neskladju s pravnim redom EU na področju veterinarsko-sanitarnega nadzora. V osnutku poročila komisija navaja, da niso bili izvedeni ukrepi in upoštevana priporočila, ki jih je zapisala delegacija veterinarske inšpekcije EU med obiskom leta 1998. Nekaj očitkov je bilo na račun veterinarskega nadzora nad rabo nalepk oz. nad veterinarskimi oznakami, s katerimi naj bi bilo potrjeno, da je blago z veterinarskega stališča v redu. Komisija je navedla še napačno certificiranje, kopije certifikatov, celo ponarejene certifikate in uporabo dvojnih serij številk. Pripombe so se nanašale še na dajanje neresničnih informacij, nezadovoljiv pa naj bi bil tudi sistem za identifikacijo živali in nadzor nad njihovim gibanjem.