Učitelju sistem dopušča veliko avtonomijo. Sam in popolnoma neodvisno izbira didaktične metode, pripravlja svoj didaktični material, organizira delo pri učni uri, seveda, upoštevajoč načelo varnosti in spoštovanja učenčeve integritete. Sam izbira učbenike in delovne zvezke, strokovni aktivi učiteljev v šoli določajo merila ocenjevanja. Sistem učitelja omejuje tudi pri številu ocen, ki jih mora pridobiti, upoštevati mora veljavne učne načrte. Toda tudi učni načrt ima izbirni del, kjer se lahko učitelj sam odloči, katero snov bo obravnaval in katere ne. Z uveljavitvijo fleksibilnega predmetnika lahko v okviru šole in njenega letnega delovnega načrta samostojno razporeja učne ure. Avtonomija učitelja kot posameznika je strokovno omejena samo tam, kjer je njegova odločitev vezana na skupno odločitev učiteljev, npr. določanje kriterijev za ocenjevanje ali ponavljanje razreda, o čemer po novem odloča celotni učiteljski zbor. V odnosu do staršev se učitelj lahko vedno sklicuje na omenjene elemente avtonomije, mora pa jim prisluhniti, ko mu povedo, kako se njihov otrok počuti v šoli, česa še ne razume, kje potrebuje več podpore. Tako bo imel več informacij, kako pomagati, da bi otrok osvojil optimalno znanje in da mu bo v šoli prijetno.