Odločitev SLS za odpoved sodelovanju v vladi je bila nekoliko presenetljiva glede na signale, ki so prihajali iz stranke, potem ko so njeni organi prejeli povabilo v vladno koalicijo. Sodelovanju v vladi je bil naklonjen Bojan Šrot ne glede na slab izid ter dejstvo, da je SLS s krajšo prekinitvijo leta 2004 članica vladnih koalicij že vse od leta 1996. Vstop v koalicijo je zagovarjal tudi član izvršilnega odbora Franc Zagožen, ki bi naredil vse, da se SLS ne bi znašla v istem kotlu z Janševo SDS, pa naj bo v vladi ali opoziciji. Presenetljivo (ali pa tudi ne) je vstop v koalicijo podprl prvi predsednik Slovenske kmečke zveze Ivan Oman z besedami, češ če stranka (tj. SLS) ni v poziciji, da odloča, potem je to »izgubljen čas za kmetstvo«. Velika rana za SLS pred štirimi leti je bila, da med tremi resorji, ki jih je imela v Janševi vladi, ni dobila kmetijskega, ki je bil v času vladanja tranzicijske levice na neki način »rezerviran« za SLS. Leta 2004 je po zmagi SDS na volitvah ministrstvo za kmetijstvo, gozdarstvo in prehrano prevzela Marija Lukačič (SDS), ki pa je svoj mandat končala predčasno. Nasledil jo je Iztok Jarc, ki naj bi se po izteku ministrskega mandata vrnil v diplomacijo. Od leta 1996, ko je SLS pod vodstvom Marjana Podobnika vstopila v vladno koalicijo z Drnovškovo LDS, je kmetijsko ministrstvo vodil Ciril Smrkolj, sedanji predsednik Kmetijsko-gozdarske zbornice Slovenije, svoj položaj je obdržal tudi v času Bajukove vlade. Ko je leta 2000 tedaj že združena SLS znova vstopila v koalicijo, je funkcijo ministra za kmetijstvo prevzel Franci But, kasnejši predsednik SLS. Leta 2004 je tedanji premier Anton Rop zaradi podpore referendumu o izbrisanih SLS izgnal iz koalicije, Buta pa je nasledil profesor na veterinarski fakulteti Milan Pogačnik, ki ga je Pahor letos uvrstil v ožji izbor članov t. i. alternativne vladne ekipe. Po zmagi Janševe SDS je But postal državni sekretar na ministrstvu za kmetijstvo, vendar ne za dolgo. Dejstvo, da v zadnjem mandatu SLS ni dobila kmetijskega resorja, je moteče tudi za Šrota. Sicer pa naj bi bili koalicijskemu povezovanju s tranzicijsko levico naklonjeni predvsem župani iz vrst SLS, čeprav je najvplivnejši med njimi, mariborski župan Franc Kangler, »uradno« nasprotoval vstopu v koalicijo. Sodelovanje v koaliciji bi bilo nedvomno oteženo že zaradi dejstva, da več kot polovica nove poslanske skupine SLS ni naklonjena vključitvi stranke v koalicijo. To zlasti velja za oba nekdanja ministra za promet Jakoba Presečnika in Radovana Žerjava. Presečnik je ves čas izražal mnenje, da bi bilo bolje, če bi stranka odšla v opozicijo, medtem ko je Žerjav kot minister doslej zelo dobro sodeloval s premierjem Janezom Janšo, s čimer je bil nekakšna tiha opozicija Bojanu Šrotu. Slednji je bil namreč s svojimi nastopi bliže opoziciji kot (dosedanji) vladi. Za tranzicijsko levico je privlačen zato, ker bi si z vstopom SLS v koalicijo Pahorjeva vlada lahko zagotovila dodatno protekcijo pivovarskega barona Boška Šrota, ki bi imel tako večji vpliv na vladne odločitve. Po nekaterih namigih bi si Pahor s SLS v vladi zagotovil povezave na mednarodni ravni s politiki iz Evropske ljudske stranke, kamor spada tudi SLS. Zato ne preseneča Pahorjev prvotni načrt, da bi za zunanjega ministrstva pripeljal Cirila Štoklja, ki je ta čas namestnik vodje kabineta predsednika evropskega parlamenta Hans-Gerta Pötteringa, slednji pa prihaja iz vrst Evropske ljudske stranke.