Emil pa jim je odgovarjal: »Nič se ne bojim, saj sem nedolžen. Kaj mi morejo!? Če se mi pa kaj zgodi, če me ubijejo, kakor so pobijali v Mehiki, bodo tudi moje zadnje besede: Živel Kristus Kralj!« Kljub svarilom je 9. novembra 1944 odšel na nevarno pot, da bi še enkrat videl umirajočega očeta. Domačin aktivist pa se je že zanimal, kdaj se namerava vrniti v Gorico. Zaradi preteče nevarnosti se je odpravil nazaj že 11. novembra. V Ajdovščini se je mislil pridružiti vojaški koloni, a je tisti dan ni bilo, zato se je odpravil v Gorico kar peš. Pri mostu pod Osekom sta ga ustavili oboroženi ženski, ga aretirali in izročili dvema partizanoma. Ta dva sta ga odvedla do hiše Emilove sorodnice Pavle Ferfolja ter od nje zahtevala, naj jima pripravi kaj hrane. Pohvalila sta se ji, da imata zunaj nekega »farja«. Žena je v tem »farju« spoznala brata svoje snahe. Ko so ga odpeljali, je o tem obvestila njegove domače, ki pa so Emila zaman iskali. Partizani so ga imeli najprej zaprtega v nekem hlevu, po štirinajstih dneh pa so ga odpeljali nekaj kilometrov od Šempasa, ga v gozdu ustrelili in plitvo zakopali. Njegov ubijalec se je s tem podlim dejanjem še hvalil. Šele jeseni 1948 so domači Emilovo truplo lahko poiskali in izkopali. Videli so, da je bil ustreljen v čelo. Brat je zbral ostanke njegovega trupla v vrečo ter jih odpeljal k sestri v Vrh pri Rihenberku. Tam so Emilove ostanke položili k večnemu počitku, ker si ga doma niso upali pokopati.