Ko je leta 1821 končal pravo, je odšel v ljubljansko semenišče študirat teologijo. Bil je posvečen za duhovnika in oktobra 1824 je prevzel svoje prvo duhovniško mesto kot kaplan v Šmartinu pri Kranju. Na to življenjsko pot je stopil z vso resnostjo in odgovornostjo in bil znan po tem, da je veliko spovedoval - k njemu so hodili tudi iz daljnih krajev - in obiskoval bolnike na domu, pri čemer med njimi ni delal nikakršnih razlik. Reveže in nemočne - tako ve povedati zgodovinsko pričevanje - je pobiral dobesedno po cesti. Leta 1828 je začel službovati v Metliki. Tu mu je uspelo župnijsko cerkev okrasiti s križevim potom, obnoviti veliki oltar in stranske oltarje itn. Leto zatem je bila ustanovljena Leopoldinska fundacija za vso avstrijsko monarhijo in ta naj bi skrbela za podporo katoliških misijonov v severni Ameriki. Ta dogodek je v Baragi še bolj spodbudil željo, da bi odšel v misijone prav tja, v Ameriko: potem ko je dobil odgovor škofa iz Cincinnatija na svoje pismo, v katerem ga je prosil za soglasje, da pride kot misijonar v njegovo škofijo, je konec oktobra 1830 odpotoval iz Ljubljane. Pot ga je vodila najprej na Dunaj in od tam v Pariz. Iz Pariza je odpotoval v Havre de Grâce (danes Le Havre) in se tam vkrcal na ladjo za New York. Ladja, bila je jadrnica, je potrebovala za pot mesec dni in Baraga se je potem, ko je prebolel morsko bolezen in preživel neurje, 31. 12. 1830 izkrcal v New Yorku.