Pošta prek interneta pa nosi še eno nevarnost možnost okužbe z virusi. Le-ti so po raziskavi RIS prizadeli 40 odstotkov vseh slovenskih uporabnikov interneta. Podatek, ki primerja evropske in slovenske uporabnike, pa kaže na to, da se ravno slovenski pošiljatelji e-pošte uvrščamo med najbolj ogrožene za okužbo. Najboljša preventiva je, da spam-pošte, ki velikokrat prinaša e-sporočila, okužena z virusi, ne odprete. Med bolj znanimi virusnimi skupinami so trojanski konji, ki se predstavljajo kot nekaj drugega, na primer mamljive internetne igrice. Ko jih uporabnik odpre, pa se začnejo nalagati v računalnik in povzročijo resnejše okužbe in škodo. Če redno posodabljate protivirusni program in ne odpirate neznane e-pošte, se možnost okužbe zmanjša. Zelo uporaben je tudi požarni zid, ki ga novejši Windowsi že vsebujejo. Vse bolj pereča je tudi varnost e-pošte oziroma zloraba zasebnosti in vdor v tuja gesla. Po mnenju Vasje Vehovarja, vodje raziskave RIS, je teh težav z leti sicer manj, vendar vse več podjetij in zasebnikov po e-pošti pošilja podatke z zaupno vsebino. In kako varni smo, kadar pošiljamo tovrstna e-sporočila? Matej Kovačič, avtor knjige Zasebnost in internet, meni, da je ravno prestrezanje e-pošte ena izmed nevarnosti za uporabnike interneta. E-sporočila je mogoče preprosto prestrezati in v njih iskati glavne besede, saj se e-posta po internetu načeloma prenaša nešifrirano, kot navadno besedilo. Poleg tega imajo do e-pošte svojih uporabnikov upravitelji in posredniki poštnih strežnikov večinoma prost dostop. Dodatno nevarnost predstavlja dejstvo, da je nad e-pošto z današnjo tehnologijo že mogoče izvajati množičen nadzor. Uporabniki se najbolj učinkovito zaščitijo s šifriranjem, elektronskim podpisom ter oceno stopnje tveganja.