Biljana Plavšić je prostovoljno odšla v Haag 10. januarja 2001. Najprej je bila obtožena za genocid, zločine proti človeštvu, za kršenje vojnih zakonov in običajev ter za hudo kršitev Ženevske konvencije. V spremenjeni obtožnici, 3. aprila 2002, so obtožbe, ki bremenijo tudi Momčila Krajišnika, z opombo, da je bila Biljana Plavšić kot vodilna članica Srbske demokratske stranke BiH tudi tesna sodelavka Radovana Karadžića in Momčila Krajišnika ter članica kolektivnega predsedstva BiH od 18. novembra 1990 do aprila 1993. Od 28. februarja 1992 do 12. maja 1992 je bila Biljana Plavšić sopredsednica Republike Srbske BiH, od tega datuma naprej pa članica tričlanskega predsedstva Republike Srbske. Od 30. novembra 1992 je bila tudi članica vrhovne komande oboroženih sil Republike Srbske. Ko je Slobodan Milošević zaradi pritiska mednarodne skupnosti sredi 1993. leta prisilil Radovana Karadžića, da je v Atenah podpisal Vens-Ovenov načrt o prekinitvi vojne, in je ob pomoči predsednika grške vlade Micotakisa, Dobrice Čosića in Momirja Bulatovića na Palah, kjer je zasedala skupščina Republike Srbske, skušal prepričati poslance Republike Srbske, da ratificirajo sporazum, je Biljana Plavšić najbolj nasprotovala temu načrtu. Skupščina ga ni sprejela in vojna se je nadaljevala. Po podpisu Daytonskega sporazuma novembra 1995, ko so se končale vojne operacije, je Biljana Plavšić postala konstruktivnejša, kooperativna, in kot novo izbrana predsednica Republike Srbske začela voditi politiko miru in sodelovanja z mednarodnimi silami. Sedež Republike Srbske je premestila s Pal v Banja Luko. Visoki predstavniki ZN, OES, EU in ZDA so za to obdobje pohvalno govorili o delvanju Biljane Plavšić in na sodišču potrdili, da je zavzeto uresničevala vse dogovore med republiko in mednarodno skupnostjo. No, kljub temu jo je sodišče v Haagu obsodilo na 11 let zapora. Na sojenju je Plavšićeva priznala, da je od julija 1992 in do 30. decembra 1992 delovala kot posameznica in v dogovoru z drugimi v zločinskem projektu načrtovala, spodbujala, odrejala, pomagala in podpirala preganjanje bosanskih Muslimanov, bosanskih Hrvatov in drugega nesrbskega prebivalstva iz 37 občin v Bosni in Hercegovini. Globoko se je pokesala zaradi tega početja, in potem ko so v njeno korist pričali predstavniki ZN in Madeleine Albraight, nekdanja ameriška zunanja ministrica, so jo obsodili na 11 let zapora.