V skladu s potrebami po varovanju koroške naravne in kulturne dediščine se je od leta 1986 postopoma preoblikoval v splošni pokrajinski muzej z arheološkim, etnološkim, zgodovinskim in kulturnozgodovinskim oddelkom ter pedagoško in restavratorsko dejavnostjo. Po uredbi vlade o vzpostavitvi muzejske mreže zajema delovanje na območjih občin Mislinjske in zgornje polovice Dravske doline, skupaj z močnim Koroškim muzejem Ravne na Koroškem pa tudi Mežiške. Poleg stalnih zbirk arheologije koroške krajine v nekdanjih zaporih, Čarfove zbirke panjskih končnic in partizanske sanitete na Koroškem hrani tematsko zaokrožene fonde (npr. zbirka o dr. Ljubi Prenner, Cajnkova zbirka o zgodovini športa, Prodnikova zbirka etnoloških predmetov, zbirka Koroškega radija in novejše zgodovine...), dislocirane enote pa so Paučkove bolnišnice, cerkev sv. Jurija na Legnu z enim najpomembnejših staroželeznodobnim gomilnim grobiščem ter gestapovski zapori v Dravogradu, spomladi pa bodo v Libeličah poleg že obstoječe zbirke o plebiscitu postavili še stalno razstavo o kmečki kulturi. Strokovno vodi tudi dejavnost Sokličevega muzeja v Slovenj Gradcu, prihodnje leto bodo pod njihovim strokovnim vodstvom preurejali zbirko kovaškega in gasilskega muzeja na Muti, v Javniku pri Podvelki pa po programu Phare nastaja splavarski muzej. Po prepričanju direktorja Marka Košana mora muzej služiti promociji pokrajine, zaposlovati ljudi, ki bodo sposobni ustvariti zbirne registre za vsa področja, saj bodo po novem muzejski delavci bolj administrativni zbiralci podatkov, katerih delo bo na zunaj manj vidno, stalne postavitve (zanje jim manjka prostorov) pa bodo imele prednost pred občasnimi, kar v okolju nikakor ne bo dobro sprejeto.