Na ta način je mogoče odstraniti na primer globok hematom, se pravi posledico spontane krvavitve v možganih. Ko določimo natančno mesto hematoma, ga lahko izsesamo skozi majhno luknjico. Ni treba skozi možganovino z mikroinstrumenti, če to lahko uredimo skozi le malce debelejšo iglo oziroma kanilo. S pomočjo nevronavigacije lahko z biopsijo tudi ugotovimo, če gre denimo za tumor, ki je radiosenzitiven, torej občutljiv za obsevanje in v takem primeru se lahko začne lokalno zdravljenje s kratkoživimi radioaktivnimi sevalci. Ob terapevtskih pristopih, ki so sicer redkejši, lahko omenim še področje funkcionalne nevrokirurgije. To so primeri, ko s takim pristopom dosežemo natančno določeno mesto in učinkujemo na določena jedra oziroma nevronske kroge in jih bodisi prekinemo, bodisi stimuliramo. Vplivamo lahko na tremor, prisilne drže, kontroliramo epilepsijo in bolečino in podobno. Poleg odvzema vzorčka je, skratka, mogoče z iglo vbrizgati zdravila, celice, vnesti na natančno določeno mesto radioaktivna zrnca, obolelo tkivo zamrzniti ali električno koagulirati, razbiti z ultrazvokom ali upariti z laserskim žarkom. Če je sprememba rakasta, jo je mogoče zelo natančno s principi stereotaksije obsevati z gama nožem ali linearnim pospeševalnikom; slednje zdravljenje poteka v okviru onkološkega inštituta.