Problem se je zaostril v zadnjem obdobju, ko se je delež iz dolgoletnega ravnovesja odtegljajev krepko povečal, finančna slika pa se je z uvedbo novega računovodskega sistema zameglila. In potem se zastavljajo vprašanja: Ali je bila draga prenova menze potrebna? Ali smo potrebovali prav ta računalniški program za vodenje finančnega poslovanja instituta? Kako je mogoče, da sta minili že skoraj dve leti od uvedbe, ko kupljeni program šele postaja uporaben? Ali je bila nastavitev konzultanta seniorja firme NPS d.o.o., odgovornega za najbolj zahtevne projekte, kot vodjo nabavno-prodajne službe, del uvajanja tega programa? Ali bomo res morali doplačati še za opcijo, ki bo omogočala elektronsko vnašanje potnih nalogov? In pa ali je res, da trenutna verzija programa ne dopušča spremembe pogodbe sodelavca, ki je bil izvoljen v višji naziv in bo moral počakati na višjo plačo do takrat, ko bo program to omogočal? Ali sta torej menza in financiranje razvoja tega famoznega računovodskega programa vizija instituta? (Po meni znanih virih naj bi račun za program znašal približno 600 tisoč evrov, o celotni ceni zagona sistema pa lahko le ugibamo, saj pravih podatkov ni in ni in ni. Cena prenove menze pa naj bi bila nižja.) Kolikšni so torej dejanski stroški? Ali ne bi bilo bolj skladno s poslanstvom instituta večine teh sredstev porabiti za laboratorije in opremo? Zelo resno vprašanje je tudi, ali je vodja raziskovalnega projekta, ki mora s stalnim podpisovanjem potrjevati, da se le-ta izvaja v skladu s pogodbo, res odgovoren za njegovo izvajanje, če se pa sredstva lahko odtegujejo brez njegovega soglasja? Če se znamo držati pravil za evropske projekte, zakaj se ne bi še za domače? Zakaj nimamo obvezne finančne revizije vseh domačih projektov in raziskovalnih institucij?