Od dragocenih mozaikov, ki so nekdaj prekrivali osrednjo kupolo, polkupole, oboke in stene velikanske cerkve, se je do danes ohranilo le malo. Zmotno prepričanje, da so mozaični okras uničili Turki, ki so leta 1453 zavzeli Carigrad, je daleč od resnice. Turški sultan Mohamed Osvajalec, ki je po dolgem obleganju osvojil bizantinsko prestolnico, je bil namreč velik občudovalec umetnosti in je strogo prepovedal pustošenje cerkva. Hagija Sofija je sicer postala mošeja, liturgično opremo so odstranili, mozaikov pa se njegovi vojaki niso dotaknili. Obdržala je celo svoje ime, le da so ga poturčili v Aya Sofya. Šele veliko pozneje, sredi 18. stoletja, ko je bilo turško cesarstvo že v zatonu in je tudi v prestolnici naglo naraščala nestrpnost do kristjanov, so prebelili in deloma uničili mozaično dekoracijo. Za izgubo največjega dela mozaikov so v resnici krivi številni potresi, ki so nekajkrat močno poškodovali cerkev Božje modrosti. Otomanski vladarji so vsakič popravili le arhitekturne poškodbe, za mozaike pa jim ni bilo mar.