Tokrat poskuša agent brez spomina dokončno razvozlati skrivnost svoje identitete, potem ko prebere članek britanskega novinarja Simona Rossa (Paddy Considine) o koreninah programa, ki ga je naredil za morilca. Ko ga pot pelje iz Moskve v Pariz, London, Madrid, maroški Tanger in nazadnje New York, se približa tistim, ki so vlekli niti pri projektu Treadstone. Vendar so ti medtem že izboljšali pranje možganov in postopek razvili najprej z novim programom črni šipek. Rezultat so novi, superiorni morilci. Vodja programa je mračen in brezobziren Noah Vosen (David Strathairn iz Clooneyjevega filma Lahko noč in srečno), ki v New Yorku z najsodobnejšo tehniko nadzora vodi svoje morilce po Bournovi sledi. Spraviti ga morajo s poti – in tudi vse tiste, ki mu pomagajo. Tudi mlado agentko Nicky Parsons (Julia Stiles), ki jo Bourne tokrat sreča v Madridu, kjer želi najti informanta umorjenega novinarja Rossa. Ker se je ta medtem umaknil v Tanger, mu Bourne in Nicky sledita v maroško mesto, kjer pride do enega od akcijskih vrhuncev filma. Ko se Nicky znajde na muhi Ciinega morilca, se Bourne požene na lov za njim po ozkih ulicah, strehah in balkonih, da bi ga ujel, preden bi mu mlada agentka padla v roke.