Januarja 1990 na XIV. izrednem kongresu ZKJ v brezbarvnem diskusijskem prispevku o odnosu med republiko in federacijo še enkrat poudari ključno nevarnost, vendar s tem ne reši Jugoslavije. »Če se vsa suverenost nahaja v socialistični republiki, ni težko ugotoviti, da potem federacije ni več.« Decembra 1990 se Stane pojavi na ustanovnem kongresu ZKJ Gibanja za Jugoslavijo, vendar pri stranki sodeluje bolj diskretno. Zato se pa še naprej redno pojavlja v zvezni skupščini. Začetek vojne na Hrvaškem Stane komentira z izjavo, da se je Špegelj sam nastavil skriti kameri, odklapljanje Slovenije pa spremlja s prizanesljivim posmehom. Slovenski poslanec Janez Lukač ga leta 1991 obdolži, da je moralno in politično odgovoren za razkroj med armado in narodom. Stane pa zvezne poslance in javnost seznani s stališčem, da »armada prav gotovo ne bo počela manj od tega, za kar je z ustavo pooblaščena«. Na seji zvezne vlade, ki sprejme sklep o zasedbi slovenskih meja, ostane do zgodnjih jutranjih ur, tudi po tistem, ko je zvezni sekretar Kadijević zaradi glavobola zapustil sejo. Ko se sredi vojne znajde v Ljubljani na pogajanjih, ga pričakajo plakati »Brovet, izdajalec!« Vrne se v Beograd. Po parih mesecih ga upokojijo. V Ljubljani pa bo leta 1994 Stane Dolanc med sejo parlamentarne komisije, ki raziskuje uradovanje igralnic, menda namignil, da bi o zadevi vedel kaj povedati upokojeni admiral.