Swissmetro orje ledino tudi na področju varnosti. Sistem, ki poteka do 300 m pod zemljo in še v delnem vakuumu, mora biti kar se da varen. K temu največ prispeva prav tehnologija maglev, ki je na papirju varnejša od avtomobilov, vlakov in tudi letal. Vseeno pa je lahko že najmanjša nesreča, ki se zgodi 300 m globoko pod zemljo, katastrofalna. V določenih intervalih bodo na površje vodili jaški, ki bodo služili za zasilni izhod; po njih se bo sistem napajal z energijo, v primeru nesreče pa bo po njih v predor pritekel zrak z atmosferskim tlakom in začel se bo proces vzpostavljanja normalnega zračnega tlaka v predoru. Takšno stanje bo doseženo predvidoma v treh minutah. Za ta čas bo vlak opremljen z maskami s svežim zrakom, podobno kot pri letalih. Še en problem, ki nastane zaradi podtlaka, bo čiščenje zraka v vlaku. V normalnih okoliščinah lahko zrak z zračenjem vedno zamenjamo, v primeru Swissmetroja pa to ni mogoče. Zato je treba zrak čistiti (filtrirati) v samem vlaku.