Kolonska hidroterapija se razlikuje od klistiranja tudi po obveznem dodatnem zdravljenju. To zlasti velja, če so v črevesju navzoče glivice. Če jih ne zdravimo pravočasno, se namreč utegnejo razširiti v nožnico, prostato, pljuča ali usta. Dodatno zdravimo s homeopatijo, nosodami, spagiriki, zelišči in posebnimi biododatki, ki vsebujejo laktobakterije. Skupaj sta zelo učinkoviti tudi kolonska in postkolonska hidroterapija. Zdravljenje s farmakološkimi zdravili v teh primerih ni uspešno, ker ta vsebujejo strupe, ki se kopičijo v debelem črevesju. Po zdravljenju je včasih priporočljivo jemanje zdravil, ki izboljšujejo mikrofloro v črevesju, zmanjšajo vnetja v črevesju in okrepijo prekrvavitev črevesja, koristi pa tudi ustrezno prehranjevanje. Hidroterapiji čez mesec dni sledi kontrolni pregled. Razlika med kolonsko hidroterapijo in klistiranjem je po vsem povedanem jasna. Nekatere osebe v Sloveniji, ki nimajo medicinske izobrazbe, v resnici izvajajo klistiranje, saj čiščenje črevesja opravijo samo enkrat in temu pravijo kolonska hidroterapija. Toda pri tem postopku se črevo ne očisti povsem, poleg tega mu ne sledita pregled in kontrola.