Ekološki čebelar mora pri izbiri vrste čebele dati prednost avtohtoni kranjski čebeli (Apis mellifera carnica) in njenim lokalnim ekotipom, panjem iz naravnih materialov, čebelnjak pa mora namestiti na mestu, kjer v polmeru treh kilometrov od čebelnjaka poteka ekološka pridelava. Pravila ekološkega čebelarjenja vključujejo prepoved striženja kril maticam, pri točenju medu je prepovedana uporaba kemičnih sintetičnih odvračal in točenje medu iz satja, v katerem je čebelji zarod. Na koncu pašne sezone je treba čebelam v panjih pustiti dovolj medu in cvetnega prahu za prezimovanje, najboljše kostanjevega ali ajdovega. Hranjenje čebeljih družin je dovoljeno le, če je zaradi vremenskih razmer ogroženo preživetje. Za hranjenje se uporablja ekološko pridelan med, ekološko pridelan sladkorni sirup ali ekološki sladkor v omejeni količini. Preprečevanje bolezni čebel mora temeljiti na preventivnih ukrepih, kot so genetska odpornost, ter na dovoljenih tehnoloških ukrepih, ki spodbujajo visoko odpornost. Za zdravljenje se lahko uporabljajo fitoterapevtski pripravki (čaji) in homeopatska zdravila. V primeru uporabe konvencionalnih zdravil je po uspešnem zdravljenju predpisano enoletno obdobje preusmeritve pred ponovno vključitvijo v sistem ekološkega čebelarjenja, zato se med iz tega obdobja ne sme tržiti pod znakom ekološki. Za obvarovanje čebel pred varojo se lahko uporabljajo mravljinčna, mlečna in oksalna kislina, eterična olja, mentol, timol, evkaliptusovo olje in kafra. Za razkuževanje satja je dovoljena ocetna kislina.