V krščanski ikonografiji ima iris nekoliko skromnejši obseg simbolnih pomenov kot bela lilija. Kakor večina cvetlic se povezuje z Marijo in največkrat simbolizira njeno bolečino. Listi perunike namreč po obliki spominjajo na ostro rezilo meča (od tod tudi nemško ime za peruniko Schwertlilie ali mečasta lilija) in simbolično predstavljajo meče, ki prebadajo Marijino srce ob misli na trpljenje njenega sina. Sveta Brigita Švedska, ena največjih mističark poznega srednjega veka, pravi, da je Marija kot perunika čudoviti cvet ostrih listov, ki pomenijo bridko bolečino njenega srca. Ker je bila po prepričanju srednjeveških teologov Jezusova usoda s pasijonom in smrtjo na križu Mariji znana že ob njegovem rojstvu, je perunika kot simbol trpljenja velikokrat upodobljena v prizoru Jezusovega rojstva ali Poklona kraljev. Skupaj z belo lilijo najdemo peruniko tudi v motivu Oznanjenja. Oznanjenjska simbolika perunike je še posebej zanimiva, saj se v tem primeru krščanska ikonografija neposredno navezuje na klasično mitologijo, v kateri je iris cvet, ki razodeva voljo bogov. Lahkonogo Iris je seveda zamenjal nadangel Gabrijel, ki Mariji oznani božjo voljo o rojstvu Deteta, perunika, ki v jeziku simbolov dopolnjuje dogajanje, pa kaže, da je simbolika cvetja vsaj tako prilagodljiva kot cvetlice same.