Franc Jožef se ni najbolje razumel s svojim mlajšim bratom Maksimilijanom, ki je tedaj poveljeval majhni avstrijski mornarici. Maksimilijan je hotel igrati vidnejšo vlogo, a ga brat ni pustil in ga je držal precej na kratko. Tedaj pa je skupina mehiških emigrantov Maksimilijanu ponudila krono mehiškega cesarja. Franc Jožef je bratu sicer dovolil odhod, a slednji se je moral odreči pravicam, ki so mu šle kot članu habsburške hiše. Cesar bratu tudi ni dal svojih čet, dopustil pa je, da se mu pridružijo prostovoljci. Franc Jožef je namreč imel več kot dovolj svojih skrbi, kajti Prusija je bila čedalje bolj agresivna in kazalo je, da bo tarča te agresivnosti prav Avstrija. Počilo je leta 1866. Prusija in Avstrija sta bili v vojni. Hkrati je Avstriji skočila v hrbet še Italija. Sledili sta dve zmagi na italijanski fronti, kopenska pri Custozzi in pomorska zmaga v bitki pri Visu, a vse skupaj je izničila pruska zmaga pri Konigsgratzu. Avstrija je bila spet prisiljena prositi za mir. Izrinjena je bila iz nemških dežel, ki so se kmalu zatem pod vodstvom Prusije združile v nemško cesarstvo, na drugem