Armadni vrh pa se na proteste ni oziral. S sklepi predsedstva je dobil formalno pokritje za svoje akcije in 17. maja začel izvajati ukaz, ki ga je izdal načelnik generalštaba, da se v Sloveniji in Hrvaški vzame orožje iz civilnih skladišč in se prenese v vojaška. »Sprejmemo ukrepe, da se Sloveniji in Hrvaški vzame orožje iz civilnih skladišč TO in preseli v vojaška skladišča. Ne bomo dovolili, da orožje zlorabijo v možnih spopadih ali za nasilno odcepitev. Praktično smo jih razorožili. Formalno je to storil načelnik generalštaba, toda dejansko po našem nalogu. Slovenci in Hrvati so ostro reagirali, vendar ne morejo nič,« je akcijo 17. maja v dnevniku opisal Jović. Ukaz je izdal general Blagoje Adžić, temeljil je na oceni, da so inšpekcijski pregledi pokazali, da je orožje slabo zavarovano in ga je zato treba premestiti v skladišča JLA. Orožje teritorialne obrambe je bilo zaradi praktičnih razlogov deloma že sicer hranjeno v skladiščih JLA in nad tem je vojska že imela nadzor, prav tako pa nad težjim orožjem, strelivom zanj in minsko-eksplozivnimi sredstvi. V Sloveniji je bilo tako v štirinajstih od dvainšestdesetih občin. Po oceni Janeza Janše je JLA nadzorovala več kot 70 odstotkov formacijske ter dodatne oborožitve in opreme slovenske teritorialne obrambe. Zato je bilo zadržati vsaj preostanek zelo pomembno, tako zaradi vojaških razlogov kot zaradi vprašanja pristojnosti nad teritorialno obrambo. Na Hrvaškem je JLA s premeščanjem začela že aprila, vendar skrivaj, zaradi močne srbske sestave med oficirji TO pa je imela tudi bistveno lažje delo. V Sloveniji je bila akcija časovno dobro preračunana, saj je ravno ta dan skupščina volila novo vlado. Na Hrvaškem, kjer so bili tudi v organih TO večinoma srbski oficirji, je akcija uspela skoraj v celoti. V Sloveniji so se stvari zapletle. V petih občinah so komandanti ukaz razumeli tudi tako, da so oddali tudi orožje upravnih organov za ljudsko obrambo, vendar je Janša 18. maja, potem ko je prejšnji večer od Janka Kušarja prevzel vodenje sekretariata za ljudsko obrambo, poslal brzojavko, naj tega ne počnejo, akcija je bila ustavljena, uspeli pa so tudi doseči vrnitev tega orožja. Istega dne je Kučan klical Jovića, zahteval pojasnila in povedal, da se ljudje upirajo odvzemu orožja in da lahko pride do žrtev. Dogovorila sta se za sestanek v ponedeljek, 21. maja. Vendar predsedstvo ni čakalo do ponedeljka, predajo iz skladišč je ustavilo naslednji dan, 19. maja, z zaupno brzojavko, ki jo je poslalo v občinske štabe TO. Pri tem je bilo v dilemi, ali to sme storiti, saj lahko v težek položaj postavi ljudi, ki so neposredno odgovorni, ni pa jasno, kakšne bodo posledice njihovega ravnanja. Poleg tega je poveljnik TO generalpolkovnik Ivan Hočevar slovenskemu vodstvu na seji predsedstva 18.maja 1990 očital, da je v Sloveniji okrog 10.000 kosov »sivega orožja«, ki so ga kupovali komiteji za Splošno ljudsko obrambo in družbeno samozaščito ter družbenopolitične organizacije z ZKS in ZSMS vred, čeprav imajo lahko po zakonu orožje le trije sistemi: milica, TO in JLA. To je bilo razumeti, kot so hitro ugotovili na seji, »da je Slovenija preveč oborožena, ljudje imajo prelahek dostop do orožja in to je treba onemogočiti«. Dokazati to pa je bil ravno Jovićev in Kadijevićev namen, saj je podoben recept vojska že uporabila na Kosovu.